Os 40 cursos de Graduação da Universidade de Taubaté são oferecidos, anualmente, por meio de Processo Seletivo, e estão divididos em 20 Departamentos, que são unidades educacionais básicas da Universidade de Taubaté, organizados de forma a integrar as atividades de ensino, de pesquisa e pós-graduação e de extensão nos cursos de graduação. São administrados pelos Diretores de Institutos, pelas Chefias de Departamento e pelos Conselhos de Departamento (CONDEP).

No âmbito da pós-graduação, a Unitau oferece mais de 70 cursos de especialização (lato sensu), incluindo MBAs, além de Mestrado e Doutorado (stricto sensu), recomendados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e reconhecidos pelo Ministério da Educação (MEC).

As atividades realizadas pela Universidade de Taubaté cruzam as fronteiras das salas de aula e possibilitam que alunos e professores atuem junto à comunidade, por meio de mais de 20 programas e projetos de Extensão. Abrangendo as áreas de Biociências, Exatas e Humanas, as atividades de extensão visam melhorar a qualidade de vida da população local e regional.