Reitoria
A Reitoria, exercida pelo Reitor, é órgão executivo superior que superintende, coordena e fiscaliza todas as atividades universitárias, auxiliado pelo Vice-reitor e pelas 06(seis) Pró-reitorias abaixo discriminadas.

Pró-reitorias
A Reitoria, na execução de suas múltiplas atividades, conta com o apoio técnico-administrativo de 06 (seis) Pró-reitorias. São elas: de Administração, de Economia e Finanças, Estudantil, de Extensão e Relações Comunitárias, de Graduação e de Pesquisa e Pós-graduação.

Institutos Básicos
O Instituto é a unidade educacional da Universidade que administra e coordena as funções de ensino, pesquisa e extensão correspondentes às disciplinas básicas dos cursos dos Departamentos pertencentes à mesma grande área do conhecimento: Biociências, Exatas e Humanas. Cada Instituto Básico é administrado por um Diretor e por um Conselho do Instituto (CONDIN).

Departamentos
O Departamento é a unidade educacional básica da Universidade de Taubaté e congrega todo o pessoal que nele exerça quaisquer atividades na área do ciclo profissionalizante de cada curso, sendo administrado pelo Chefe de Departamento e Conselho de Departamento (CONDEP). O Conselho de Departamento, órgão de natureza deliberativa, consultiva e fiscalizadora, na sua esfera de abrangência, é constituído pelo Presidente (Chefe do Departamento), pelo secretário, por representantes do corpo docente, por um representante dos funcionários e por 2 representantes do corpo discente.